The establishment of the “Center of Farm Animal PHENOMICS” uses the infrastructures that already exist at these particular faculties, completes them specifically within the frame of the network of excellence and ensures them additionally by accompanying equipment investments of the faculties beyond the aid scheme (see illustration). Level | Leistungsprofil | Existing Technology Platform (Standort, Kosten) | Neubeschaffung (Standort, Kosten) | Genomics | Sequenzierung im Niedrigdurchsatz | 3100-Avant Kapillarsequencer (LMU, 125 T€) 3100-Avant Kapillarsequencer (FBN, 125 T€) Amersham MegaBase (FBN, 250 T€) LICOR Sequencer (FBN, 100 T€) | | Wirtsgenom-Sequenzierung im Hochdurchsatz | | Roche/454 Genome Sequencer (AUF, 500 T€)1 | Erreger-Sequenzierung im Hochdurchsatz | Roche/454 Genome Sequencer (FLI, 600 T€) | | SNP-Darstellung | Affymetrix-SNP-Plattform (FBN, 150 T€) Biotarge Pyrosequencer (FBN, 100 T€) | Illumina-Array-Plattform (FBN, 250 T€)1 | Transcriptomics | Kommerzielle Array-basierte Verfahren | Affymetrix-Plattform (LMU, 250 T€) Affymetrix-Plattform (FBN, 250 T€) | | Customised Array-Systeme | Agilent Microarray System (LMU, 135 T€) Omnigrid Accent Arrayer (LMU, 60 T€) MWG Microarray Scanner (FBN, 80 T€) | Microarray System (FBN, 120 T€)2 | qPCR-Systeme | Roche LightCycler (2x) (FBN, 90 T€) Roche LightCycler 480 (FBN, 90 T€) BioRad i-cycler (FBN, 60 T€) ABI Taqman 7000 (LMU, 100 T€) | | Transkript-Hochdurchsatz-sequenzierung | | Next Generation Sequencer (LMU, 500 T€)3 | Proteomics | 2D-Gelbasierte Proteomics | hochauflösendes 2D-Gelelektrophoresesystem (LMU, 130 T€) Bruker/Intavis Spot Picking Roboter and Digester (LMU, 55 T€) Amersham Typhoon Fluoreszenz-Scanner (LMU, 115 T€) Bruker Ultraflex MALDI-TOF/TOF Massenspektrometer (LMU, 250 T€) ABI MALDI-TOF/TOF Massenspektrometer 4800 (LMU, 450 T€) | | Nano-LC-MS/MS-basierte Proteomik | GE Healthcare MDLC für multidimensionale nano-LC (LMU, 100 T€) Eksigent Nano-HPLC Splitfrei, zweidimensional (LMU, 95 T€) ThermoFisher Orbitrap XL ESI Massenspektrometer (LMU, 800 T€) ThermoFisher ESI Ionenfalle LTQ (LMU, 300 T€) | | Multiplexed targeted Proteomics | | Triple-Quadrupole-Massenspektrometer (LMU, 300 T€)1 | Metabolomics | Metabolitennachweis | ThermoFisher Orbitrap ESI Massenspektrometer (FBN, 800 T€) GE Healthcare MDLC für multidimensionale nano-LC (FBN, 100 T€) | | Klinische Chemie | Olympus AU400 Clinical-Chemical Analyzer (LMU, 90 T€) | | Advanced Phenotypes | Laser-Capture Microdissection | | Zeiss-PALM-System (FBN, 250 T€)2 | Online-Erhebung von Verhaltensparametern | | Telemetrie-System (AUF, 80 T€)1 | 1Beschaffung im Rahmen von PHÄNOMICS; 2Beschaffung im Rahmen der jeweiligen Institutshaushalte; 3Mischfinanzierung: 200 T€ PHÄNOMICS, 300 T€ LMU Dabei kann in Hinsicht auf die zu entwickelnde ‚OMICS’-Technologieplattform auf bereits im Verbund vorhandene Gerätekonfigurationen im Werte von ca. 6,0 Mio. € aufgebaut werden. Auf Grundlage dieser entwickelten infrastrukturellen Voraussetzungen werden in kooperativer Zusammenarbeit folgende technologische Plattformen etabliert: - Plattform „Komplexe ‚OMICS’-Phänotypen“ (LMU, FBN, AUF), - Plattform „Integrative Bioinformatik“ (LMU, UHL, FBN) - Plattform „Animal Trait Ontology“ (FBN in Zusammenarbeit mit allen Partnern) - Plattform „Biomarker gestützte Selektion“ (VIT in Zusammenarbeit mit FBN, CAU, LMU, UHL). Durch die Etablierung der Plattform „Biomarker gestützte Selektion“ am VIT Verden soll die nachhaltige Überführung und Nutzung der entsprechenden Forschungsergebnisse in die tierzüchterische Praxis gewährleistet und die direkte Nutzung der Wertschöpfungspotentiale ermöglicht werden. Des Weiteren fließen die Ergebnisse aufgrund der umfassenden Einbindung der Netzwerkpartner in die Lehre unmittelbar in diese ein. Sowohl Studierende als auch Doktoranden erhalten Zugang zu aktuellem Wissen und die Möglichkeit der wissenschaftlichen Weiterqualifikation in dem innovativen Bereich Genomics – Verhaltensforschung – Haltung – Zucht, wie er derzeit nicht verfügbar, jedoch aufgrund der strukturellen Entwicklungen dringend erforderlich ist, um international konkurrenzfähig zu bleiben. |