Integrative Bioinformatik zur systembiologischen Modellierung der Genotyp-Phänotyp-Abbildung beim Nutztier Projektleiter: Prof. Dr. Norbert Reinsch, FBN Dummerstorf Ziele: - Aufbau einer „Animal Trait Ontology“ (ATO)-Plattform mit Schwerpunkt Verhaltensmerkmale,
- Erstellung einer Ontologie-basierten zentralen Datenbank für das PHÄNOMICS-Konsortium (FarmPheno),
- Erweiterung der Bioinformatik-Pipeline zur Auswertung von Hochdurchsatzdaten verschiedenen Ebenen der Genexpression und Anpassung an Rind und Schwein,
- Weiterentwicklung von statistischen Verfahren für die Einbeziehung einer Modellierung der Genotyp-
Phänotyp-Abbildung zur Identifikation von Biosignaturen, - Bioinformatik-Pipeline zur Auswertung von Hochdurchsatzdaten verschiedener Ebenen der Genexpression und Anpassung an Rind und Schwein,
- Entwicklung von adaptiven Tests für die Analyse von SNP-Gen-Expressions-Assoziationen,
- Validierung und Verbesserung der aus den Daten von VP3 entwickelten Kandidaten-Biosignaturen in praxis-relevanten Populationen (VP4).
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Teilprojekte |
Teilprojekt 1.1: 'Animal Trait Ontology' - Merkmalsontologie für die Bereiche Verhalten und Wohlbefinden und Projektdatenbank
Projektleiter: Prof. Norbert Reinsch, FBN Dummerstorf Teilprojekt 1.2: Bioinformatik Pipeline zur Integration von Hochdurchsatzdaten und geno-/phänotypischen Parametern in Netzwerk und PNFL Systemmodelle für Rind und Schwein
Projektleiter: Prof. Ralf Zimmer, LMU München Teilprojekt 1.3: Statistische Analyse von Assoziationen zwischen Einzelnukleotidpolymorphismen und Genexpressionen
Projektleiter: Prof. Andreas Ziegler, Universität Lübeck Teilprojekt 1.4: Ableitung von Biosignaturen unter Ausnutzung netzwerk-topologischer a-priori Informationen und Profilen verschiedener Ebenen der Genexpression
Projektleiter: Dr. Dirk Repsilber, FBN, Dummerstorf |
