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Verbundprojekt 1 - Integrative Bioinformatik

Integrative Bioinformatik zur systembiologischen Modellierung der Genotyp-Phänotyp-Abbildung beim Nutztier

Projektleiter: Prof. Dr. Norbert Reinsch, FBN Dummerstorf

Ziele:

  • Aufbau einer „Animal Trait Ontology“ (ATO)-Plattform mit Schwerpunkt Verhaltensmerkmale,
  • Erstellung einer Ontologie-basierten zentralen Datenbank für das PHÄNOMICS-Konsortium (FarmPheno),
  • Erweiterung der Bioinformatik-Pipeline zur Auswertung von Hochdurchsatzdaten verschiedenen Ebenen der Genexpression und Anpassung an Rind und Schwein,
  • Weiterentwicklung von statistischen Verfahren für die Einbeziehung einer Modellierung der Genotyp-
    Phänotyp-Abbildung zur Identifikation von Biosignaturen,
  • Bioinformatik-Pipeline zur Auswertung von Hochdurchsatzdaten verschiedener Ebenen der Genexpression und Anpassung an Rind und Schwein,
  • Entwicklung von adaptiven Tests für die Analyse von SNP-Gen-Expressions-Assoziationen,
  • Validierung und Verbesserung der aus den Daten von VP3 entwickelten Kandidaten-Biosignaturen in praxis-relevanten Populationen (VP4).

 

Teilprojekte

Teilprojekt 1.1: 'Animal Trait Ontology' - Merkmalsontologie für die Bereiche Verhalten und Wohlbefinden und Projektdatenbank
Projektleiter: Prof. Norbert Reinsch, FBN Dummerstorf

Teilprojekt 1.2: Bioinformatik Pipeline zur Integration von Hochdurchsatzdaten und geno-/phänotypischen Parametern in Netzwerk und PNFL Systemmodelle für Rind und Schwein
Projektleiter: Prof. Ralf Zimmer, LMU München

Teilprojekt 1.3: Statistische Analyse von Assoziationen zwischen Einzelnukleotidpolymorphismen und Genexpressionen
Projektleiter: Prof. Andreas Ziegler, Universität Lübeck

Teilprojekt 1.4: Ableitung von Biosignaturen unter Ausnutzung netzwerk-topologischer a-priori Informationen und Profilen verschiedener Ebenen der Genexpression
Projektleiter: Dr. Dirk Repsilber, FBN, Dummerstorf



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